临床医学系是扬州医学院最早建立的部系之一,承担学校医学类专业理论及临床教学任务。在全国首批设置妇产科学和皮肤性病学专业方向。2000年临床医学专业被扬州大学评为重点教改试点专业。外科学为江苏省成教重点课程，外科学、内科学为扬州大学校级重点学科，外科学、皮肤病学、妇产科学、内科学、外科护理学等为扬州大学精品课程。目前，设有5个学科群，分别是（1）头面部学科；（2）内科、诊断学；（3）外科学；（4）妇产科与儿科学；（5）皮肤病学与传染病学；共有11门课程：内科学、诊断学、放射诊断学、外科学、外科学总论、妇产科学、儿科学、皮肤病学、传染病学、耳鼻咽喉科学、眼科学。2009年临床医学专业获得临床医学专业硕士学位授予权，2017年获得临床医学一级学科博士学位授权。另设中西医结合临床研究所、临床医学实验中心。临床医学实验中心下设有诊断实验室、外总实验室、皮肤性病实验室、妇产实验室。目前承担国家级、省级科研项目20多项，获省厅级科技成果奖20多项。临床医学专业有专职教师41人，其中教授、主任医师5名，副教授及副主任医师16名，有博士学位21名，硕士学位10名，硕士生导师14名。临床医学专业在专业建设、培养模式、师资队伍建设、实践教学等方面形成优势，积累了丰富经验，成为具有一定影响力的优势专业。2002 年扬州大学认定临床医学专业为校极品牌专业。临床医学专业根据学校的目标定位，以市场需求为导向，结合国家执业医师考试大纲，在认真研究和论证的基础上，重新拟定了临床医学专业方向，优化了课程体系，组织教研室修订了课程教学大纲及培养方案，进一步优化了课程体系，减少必修课理论学时，增加了实践教学学时，强化实践教学和创新教育，增加了人文素质教育选修课程。修订了临床医学本科专业教学质量标准和实践教学环节的教学标准与考核标准，保证了实用性、复合型医学人才培养目标的实现。师资队伍建设和教师培养是专业建设的核心。通过采取多种措施，努力提高教师的教学、医疗和科研水平。目前，已经形成了一支职称结构、学历结构和年龄结构相对合理的教师队伍。