临床医学专业是扬州医学院最早建立的专业之一。在全国首批设置妇产科学和皮肤性病学专业方向。2000年临床医学专业被扬州大学评为重点教改试点专业。2002 年扬州大学认定临床医学专业为校极品牌专业。2017年被江苏省教育厅评审为省成人高等教育重点专业，外科学、人体解剖学、病原生物学与免疫学为江苏省成教精品资源共享课程；外科学、内科学为扬州大学校级重点学科；内科学、皮肤性病学、妇产科学、病理学、药理学、生物化学、中医基础综合、外科护理学等为扬州大学精品课程。设有基础医学实验教学中心、临床医学实验教学中心2个江苏省实验教学示范中心。2010年临床医学专业获得临床医学专业硕士学位授予权，2017年临床医学专业获得一级学科博士学位授权。另设中西医结合临床研究所、临床医学训练中心。临床医学训练于2015年被评为江苏省临床医学省级训练示范中心。目前，专业招收临床医学专升本成人教育专业（业余），学制2.5年。