医学院现有临床医学、中医学、中西医临床医学、护理学和药学等五个本科专业。临床医学、中医学和中西医临床医学三个专业学制为5年，护理学、药学两个专业学制为4年，其中临床医学妇产科学专业方向和皮肤性病防治专业方向的办学特色在省内外具有较高的影响。从2006年起，开始招收学制5年的临床医学专业外国留学生，采用纯英文授课。学院设有中西医结合一级学科博士点，基础医学、临床医学、中西医结合、预防医学、药学、中药学、护理学等一级学科硕士学位点，具有临床医学硕士和中药学硕士专业学位授予权。中西医结合临床为省级重点学科，消化内科学、胸心外科、神经内科学、心脏内科学、血液病学、骨科学、影像与核医学、普通外科学为省级重点临床专科，是卫生部腔镜培训中心、国家劳动人事保障部心理培训基地。目前，学院有全日制本科学生2054人，硕士、博士研究生248和14人，外国留学生50人。

学院设有基础医学部、临床医学一系、临床医学二系、中西医结合系、护理学系、药学系和妇产与生殖医学系。拥有基础医学教学实验中心、临床医学实验中心和药学综合教学实验室，其中基础医学教学实验中心为江苏省基础实验教学示范中心建设点。学院拥有江苏省苏北人民医院、扬州市第一人民医院等七所附属医院，以及30余所教学实习医院。

学院重视科学研究，近几年共承担国家高技术发展计划项目、国家重点基础研究发展计划项目、国家自然科学基金项目、省重大招标项目等课题40多项，取得了一批高水平的科研成果，产生了显著的社会效益和经济效益。学院设有《实用临床医药杂志》编辑部，该杂志为全国公开发行的核心学术期刊，连续多年获教育部“中国高校优秀期刊奖”。

建校以来，已为国家培养各类高中级医疗卫生人才10000余人，遍及全国各地。学院毕业生以求知欲强，基础理论扎实，实践能力较强，作风朴实而受到用人单位好评，其中一大批成为医疗卫生行业的骨干力量。“双百”人物、全国优秀共产党员、劳动模范、白求恩奖章获得者、被誉为“白衣圣人”的吴登云同志，是学院优秀毕业生的杰出代表。